Restauruotame ir rekonstruotame forte 1979 metais akvariumai su Lietuvos gėlavandenėmis, Baltijos ir tropinių jūrų žuvimis, preparuotos jūrų faunos ekspozicija.

Miesto pradžią žyminčioje vietoje, piliavietėje, 2002 m. rugpjūčio mėn. duris atvėrė naujas, modernus muziejus, kuris pasakoja apie Klaipėdos miesto įsikūrimą, pilies raidą, atspindi senųjų klaipėdiečių buitį bei gyvenimą.

Viena didžiausių Europoje laikrodžių ekspozicija lankytojus supažindina su laiko matavimo prietaisų istorine raida - kalendoriais, saulės, vandens, ugnies, smėlio, mechaniniais laikrodžiais.

Klaipėdos bei visos Mažosios Lietuvos krašto istoriją čia atspindi net 56 tūkstančiai eksponatų.

Muziejuje eksponuojami Klaipėdos krašto kapinių kryželiai, tvorelės, architektūrinės miesto senamiesčio namų detalės, žvejybos įrankiai, namų apyvokos reikmenys.

Lietuvos dailės muziejaus padalinys įkurtas 1973 m.